近年來呢，滅菌機滅菌硬鏡有比較大的爭議，其實滅菌機作為滅菌硬鏡的設備之一，它是具有殺菌能力強及作用快速的特點，曾經一度成為活躍在硬鏡滅菌的舞臺上。主要集中在幾下幾個方面：
1、過濾水可能無法保持無菌狀態，存在感染隱患；
2、滅菌后的硬鏡殘留的過氧乙酸濃度無法檢測
3、沖洗接口和腔鏡口徑的應匹配，但滅菌系統無法滿足所有腔鏡的需要，因此存在隱患當處理硬鏡時，錯誤的使用連接器會導致硬鏡滅菌不完全，可能誘發硬鏡相關感染；
4、高濃度過氧乙酸對碳鋼、鋁、銅有一定腐蝕，此類金屬器械應慎用；
5、滅菌后轉運過程存在污染的風險，存在感染隱患；
6、滅菌器的監測頻率有待考證。《醫療機構消毒技術規范》和《醫院消毒供應中心第3部分：清洗消毒及滅菌效果監測標準》中沒有明確關于過氧乙酸滅菌機的物理、化學和生物監測的方法及標準。
